Benatia sertai Marseille pada tahun 2003 dan menandatangani kontrak profesional pertamanya dua tahun kemudian. Selepas melalui tempoh pinjaman di kelab Tours dan Lorient, beliau berpindah ke kelab Ligue 2, Clermont pada 1 Julai 2008 dengan bayaran perpindahan percuma.

Pada 1 Julai 2010, Benatia menandatangani kontrak bersama kelab Serie A, Udinese Calcio dengan percuma. Beliau membuat 80 penampilan untuk Udinese dan menjaringkan enam gol.

Roma

Pada 13 Julai 2013, Benatia menandatangani kontrak lima tahun bersama Roma pada 13 Julai 2013 denga bayaran 13.5 juta euro. Pada 26 September, Benatia menjaringkan gol pertamanya untuk Roma ketika pasukannya melakar kemenangan 2-0 ke atas Sampdoria. Selepas menjaringkan gol menentang Bologna, Catania dan Chievo Verona pada separuh kedua musim, beliau menamatkan musim ini dengan lima gol daripada 33 perlawanan.

Bayern Munich

Pada 27 Ogos 2014, Bayern Munich mengumumkan bahawa mereka telah menandatangani Benatia selepas Benatia menandatangani kontrak lima tahun denga bayaran sebanyak 26 juta euro. Bayern menewaskan Manchester City, Chelsea, Barcelona dan Real Madrid yang ingin menggunakan khidmat beliau. Pada 17 September 2014, beliau membuat debut untuk Bayern semasa menang 1-0 ke atas Manchester City, iaitu pada perlawanan pembukaan Liga Juara-Juara UEFA 2014-15.

Pada perlawanan Liga Juara-Juara iaitu menentang lawan yang sama Manchester City, beliau dibuang padang pada minit ke-20 kerana mengasari Sergio Agüero. Pasukannya tewas 3-2 di tempat lawan.

Benatia menjaringkan gol pertamanya untuk Bayern pada 13 Disember apabila menang 4-0 ke atas FC Augsburg. Kemenangan Bayern pada perlawanan itu meletakkan kelabnya 10 mata di takhta liga.

Dipinjam ke Juventus

Pada 15 Julai 2016, juara Itali Juventus mengikat Benatia secara pinjaman semusim dengan harga 3 juta euro bersama pilihan untuk membeli terus pada harga 17 juta euro pada penghujungnya. Beliau membuat debut untuk Juve pada 27 Ogos pada perlawanan menentang Lazio di tempat lawan pada aksi Serie A yang berkesudahan Juve menang 2-0.